L’appartamento vescovile, un tempo destinato ad abitazione dei principi vescovi, si trova nella parte meridionale del secondo piano come continuazione degli ambienti dell’appartamento imperiale.

La sua destinazione di rappresentanza è evidenziata dalla sala dei ricevimenti del principe vescovo con il sontuoso soffitto a stucchi e l’arredamento barocco. Alle pareti sono appesi i ritratti di principi vescovi brissinesi di spicco quali il cardinale Andreas d’Austria, Christoph Andrä von Spaur, Leopold von Spaur, Joseph von Spaur e Karl Franz von Lodron.

In quella che fu la biblioteca vescovile, adiacente alla sala dei ricevimenti sul lato sud, è esposta una serie di ritratti di vescovi brissinesi del XIX e XX secolo a cominciare da Joseph Gargitter, ultimo presule a dimorare nella Hofburg. In una teca sono esposti croci pettorali e anelli pontificali, un pastorale con l’agnello dello stemma vescovile nel riccio e medaglie della sede vacante.

Gli arredi dello studio del vescovo, nella parte meridionale della torre ovest, risalgono in parte all’epoca del principe vescovo Sigmund Alphons von Thun (1663–1677); l’ambiente è arricchito dal soffitto in legno originale con un dipinto che ritrae il trionfo di Pallade Atena su Oreste. La stufa in maiolica di Bartlmä Dill Riemenschneider con raffigurazioni di Giasone e Medea tratte dalla saga degli Argonauti è datata 1546, mentre il suo coronamento, risalente al 1666, presenta lo stemma del principe vescovo Thun accanto a quello del vescovado. Una seconda stufa in maiolica con scene di Giasone e Medea, sempre opera di Bartlmä Dill Riemenschneider, è collocata nella stanza d’angolo di nord-est al secondo piano, la cosiddetta sala Troger. Sono ambedue annoverate tra le più pregevoli stufe in maiolica dell’Alto Adige.